《忍者神龟》第二季是一部动作冒险类动画片，讲述了四只身形像人一样的乌龟同时也是忍者的尤其不同的故事。 在这部动画中，主要的人物是与年幼的忍者龟，莱昂纳多（Leonardo）、拉斐尔（Raphael）、米开朗基罗（Michelangelo）和多纳泰罗（Donatello）。他们是由尤他之母在基因实验室上制造的，短短两年之后，他们已经成为了战士。在这里每个小龟都有自己的性格和技能，让所有角色更加完整，发展自己的角色和在戏剧结尾时呈现的角色的决策，这是一个应该赞美的大胆的尝试。在这一季中，主要围绕了龟们与邪恶机甲和外星生物的战斗展开，并且逐渐揭开了他们的身世背景以及他们与敌人之间的复杂纠缠。整个故事情节紧凑紧张，悬疑性十足，同时也包含了许多幽默的元素，适合不同年龄层的观众欣赏。